重庆市人民医院（重庆大学附属人民医院、重庆市医学科学院）是重庆市首批“国家三级甲等医院”。经重庆市政府批准，由原重庆市第三人民医院、重庆市中山医院合并组建，于2016年3月25日挂牌成立。医院有两江院本部、三院院区、中山院区（重庆市眼耳鼻咽喉科医院），以及独立区域的健康管理中心。2022年1月，重庆市医学科学院成立。2023年9月，成为重庆大学附属医院。

附属肿瘤医院创建于1943年，是集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的国家三级甲等肿瘤专科医院，是国际抗癌联盟（UICC）成员单位，国家癌症区域医疗中心委市共建单位，国家区域中医（肿瘤）诊疗中心建设单位。

附属三峡医院地处三峡库区腹心——重庆市万州区，始建于1929年，2020年1月成为重庆大学附属三峡医院。是集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的、全国医学学科设置最为齐全的大型综合性三级甲等医院，系全国文化医院建设的引领者、全国医院集团化发展的先行者、重庆市级区域医疗中心。

附属中心医院是以急危重症与创伤救治为特色，集120指挥调度、医疗、教学、科研为一体的国家三甲综合教学医院。面向社会提供医疗服务，履行政府公共卫生救援及紧急医学救援职能，承担中心城区120指挥调度、日常急救任务。

附属涪陵医院建于1914年，2002年获批国家三级甲等医院，是集医教研为一体的综合性医院，2022年3月正式获批成为重庆大学直属附属医院。医院“一院三区”协同发展，总占地275亩，开放床位2200张，在岗职工2500余人。

附属江津医院始建于1939年，是一所集医疗、科研、教学、预防、保健、康复和医学救援为一体的国家三级甲等综合医院，是重庆市首批公立医院高质量发展试点医院。医院设本部和东门分院，占地面积共220亩，编制床位1000张，承担着江津及周边地区500多万人口的卫生健康与疾病诊治任务。

附属黔江医院是国家三级甲等综合医院，是市级区域医疗中心、国家住院医师规范化培训基地和医师资格实践技能考试基地。建筑面积21.8万㎡，编制床位1500张，现有临床医技科室44个，重庆市重点（特色）学科、专科17个。

附属沙坪坝医院始建于1939年，前身是重庆市第六诊所，历经80余年建设发展，现为一所集医疗、教学、科研、急救和保健为一体的国家三级综合医院（国家三级甲等教学综合医院创建工作已启动），年门急诊服务患者120万余人次。